El exilio de Hostos se prolongó hasta el final de la dictadura de Ulises Heureaux , por lo que Hostos luego de producirse el ajuticiamiento de este dictador Dominicano retornó nuevamente a Santo Domingo, y posteriormente a su llegada al país , en el año 1901 fue nombrado inspector de Enseñanza Pública desde cuyo cargo el Maestro aprovechó la oportunidad para redactar un proyecto de creación de una nueva legislación de Enseñanza Publica que al final, después del proyecto provocar numerosos y encendidos debates con miembros de la Jerarquía Católica , fue sometido al Congreso Nacional al través del Lic. Pelegrín Castillo , diputado , representante de la juventud dominicana.
El nuevo proyecto de modificación a la ley de Enseñanza Pública contemplaba la creación de nuevas escuelas normales en distintas Provincias y otras conquistas educativas que habían sido eliminada en la dictadura de Ulises Heureax, entre las cuales unas fueron rechazadas y otras como la creación de Escuelas normales fueron acogidas con profundas modificaciones y limitaciones por parte de las autoridades congresionales .
Con relación al nuevo Proyecto de creación de una nueva ley de Enseñanza Pública ,que fue sometido al Congreso Nacional, el Lic. Pelegrín Castillo como diputado admitió públicamente que el proyecto de ley había sido redactado por Hostos , lo que encendió el debate dentro y fuera del Congreso , y en esta ocasión la Jerarquía Católica que era opuesta a las ideas de Hostos jugó un papel influyente en cuanto a la manipulación de los fieles y a la formación de un criterio de rechazo con relación a los propósitos del maestro boricua de crear y establecer la Escuela Normal en Santo Domingo .
Con la declaración del Lic . Pelegrín Castillo se encendieron los debates de modo tal , que al frente de la polémica en representación de la iglesia Católica, salió el apasionado y controversiar padre Rafael Castellanos, quien había sido secretario del arzobispo Fernando Arturo de Merino , y de inmediato este polémico cura alegó que Hostos no tenía Calidad legal como inspector de Enseñanza y ciudadano extranjero para someter ningún proyectó de ley al Congreso Nacional para modificar la ley de Educación vigente.
Las contradicciones y polémicas de carácter ideológico entre Hostos y y la Pastoral de la iglesia Católica, aceleraraban cada día más la degradación de la calidad de la educación Nacional dada la intolerancia de la Jerarquía Católica al imponer su criterio y su incompatibilidad con ideales distintos a los que la Jerarquía Católica profesa , muchos de ellos contrapuestos a los principios éticos, cientificos y morales enarbolados por el ideólogo y maestro boricua en Santo Domingo , un maestro por vocación, y un moralista de primera línea como lo fue Eugenio María de Hostos.
Hostos para venir a Santo Domingo dejó su proyecto cumbre de la formación de una federación antillana que perseguia unificar a los países de habla hispana en América y defendiera sus interéses comunes en contra de las potencias interventoras que se diputaban el dominio del mundo .
La iglesia Católica consideraba que Hostos, era un ateo, y que en la educación primero estaba Dios , y la fe católica antes que el aspecto Cientifico, y moral , y todas esas contradiciones llegaron tan lejos, que una vez Hostos fue a visitar al filanantropo sacerdote Francisco Javier Billini al monasterio, y segun fuentes confiables , el cura y filantropo no recibió a Hostos porque alegaba que el, «como hombre al servicio de Dios , no hablaba con ateos, ni incledulos», y así fueron ocurriendo las cosas y las relaciones entre el inspector de Enseñanza Pública y la iglesia católica que cada día que pasaba se hacían más y más tirantes.
Durante la segunda mitad del régimen de Trujillo el Estado diseño un plan para erradicar en el pais, la educación Normal hostosiana , y para esos fines fue nombrado por Trujillo en la Secretaría de Estado de Educación el Lic . Manuel Arturo Peña Batlle ( chilo) para ejecutar en 1953 el plan del dictador de erradicar la educación Laica, cuando otros secretarios de educacion como Joaquín Balaguer Ricardo evadieron ese compromiso histotico y mejor prefirieron negociar con Trujillo, y que el jefe lo cambiara de funciones, y lo enviara como exiliado diplomático al exterior para no cargar con la responsabilidad histórica que arrastraba una decisión como esa , con el agravante de que era costumbre del jefe echarle la culpa a los funcionarios de las cosas malas que se hacian o las desiciones cuestionables que se tomaban en el gobierno, pero la clase letrada estaba clara que todo lo malo en el gobierno se hacía por ordenes expresa del dictador Rafael Leonidas Trujillo Molina y de nadie más.
La intelectualidad Dominicana durante la época de Trujillo , la mayoría de sus miembros fueron persuadidos o reclutado por el dictador y convertido en panejiristas de la persona del llamado padre de la patria nueva y de su régimen de horca y cuchillo
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Esa sumision de la clase intelectual Dominicana durante la era de Trujillo se debió en gran parte al poco desarrollo económico y social que tenía la sociedad dominicana la cual no contaba con un sector privado fuerte que estuviera en condiciones de emplear a una clase disidente al régimen, y en ese sentido el presupuesto Nacional y el Estado era lo único seguro que existía como nómina de trabajo , y como empleador .
La ausencia de un sector industrial o empresarial privado fuerte corroboro’ con los planes del dictador encaminado a arrodillar a sus pies a la clase intelectual Dominicana cuyos miembros no llegaban a 100 personas en la época del trujillato.
De los intelectuales dominicanos de la época, solo el Lic.Americo Lugo fue capaz de rechasarle a Trujillo un jugoso y millonario contrato para redactar la Historia Dominicana con motivo de celebrarse en el país los 25 años de la Era de Trujillo , todos los demás hombres de formación se convirtieron en lisonjistas y adulones del dictador y su régimen.
El plan de Trujillo era usar a Américo Lugo para hacer una historia Dominicana acomodada a su política represiva y solo resaltar el desarrollo social y economico de la República Dominicana durante la Era de Tujillijo .
En una entrevista con el dictador , el Lic. Américo Lugo le respondió a Trujillo luego de escuchar cuál era su objetivo ; «entonces presidente, Usted pretende que yo Américo Lugo, me convierta en su historiador oficial» .
Con relación a la eliminación de la educación Hostosiana , la clase intelectual Dominicana como era lógico esperar guardo’ un silencio cómplice con la medida ejecutada por Peña Batlle y Trujillo , por estar todos sus miembros comprometido moralmente con el dictador a cambio de un cargo público.
El 1993 , el Profesor Juan Bosch , un hostosiano por vocación se negó públicamente a asistir a la celebración de la feria del libro de ese año y exhibir sus libros en la feria , porque había sido dedicada al Licdo. Manuel Arturo Peña Batalle (chilo) , a quien el maestro y escritor responsabilizó de ser el ideólogo de la eliminación de la educación Normal hostosiana en Santo Domingo en componenda con la cúpula de la iglesia católica.